2009-2010 öğretim yılında okulda Bilim Kurulu Başkanlığı oluşturulur. Tam zamanlı çalışan ve bilim doktorları olan matematik ve fen bilimleri eş başkanlarının yönetiminde bilimsel proje üretimi ve olimpiyat çalışmalarının niteliği daha üst bir noktaya taşınır.  Ulusal ve uluslararası yarışmalarda profesyonel insan gücünün eşliğinde çalışmalarını büyük bir titizlikle sürdürür. Özel Ege Lisesi Bilim Kurulu’nun amacı, bilim ve teknolojideki gelişmelere paralel olarak geleceğin bilim insanlarının genç yaşlarda ortaya çıkarılmasını teşvik etmek suretiyle ülkemize ve insanlığa olumlu katkılar sağlamaktır.

1999 yılından bu yana hazırlanan projelerin bir kısmı, basılan Proje Kitabında ve okulun internet sayfasında kamuoyuyla paylaşılır. 2011 yılına kadar basılan 13 proje kitabında öğrencilerin hazırladığı 355 proje yer alır.  Projelerin önemli bir kısmı çeşitli yarışmalarda dereceye giren ilköğretim ve lise projeleridir.  Burada amaç hazırlanan projelerin kayıt altına alınıp, diğer araştırmacılar için kaynak oluşturma özelliği de göstermesidir.